Queridos! A coisa toda é simples. Vou deixar um template aqui pra vocês colocarem seus scripts como serviço e pararem de usar o útil nohup. Outra coisa: Seu script DEVE TER perfil de serviço. Não estou falando de um monte de comandos um embaixo do outro, beleza?
Pra facilitar, vou sublinhar as linhas que vocês devem alterar.
[Unit]
Description=Hubot
Requires=network.target
After=network.target
[Service]
Type=simple
WorkingDirectory=/home/butis/hubot
...